Dans Colonisation de l’Algérie (1843), Enfantin soutient que la question de la légitimité et du maintien de la présence française en Algérie ne peut être tranchée que par une véritable colonisation. Plutôt que de prolonger indéfiniment le débat politique sur la conquête, il affirme que seule une installation durable, productive et organisée de populations européennes permettra de justifier la possession du territoire et de la rendre utile à la France comme aux habitants du pays.

Il distingue nettement la colonisation de la simple occupation militaire. Coloniser signifie, selon lui, transporter en Algérie des familles européennes complètes — agricoles, commerçantes, industrielles — capables de fonder villages et villes, d’introduire arts et sciences, et d’assurer la pacification définitive. Cette œuvre suppose également l’organisation administrative et politique des populations indigènes sous l’autorité française.

Pour éclairer son propos, Enfantin examine la colonisation romaine en Afrique. Il conteste l’idée que Rome ait implanté massivement des familles italiennes cultivant elles-mêmes le sol. Selon lui, les Romains ont surtout administré et exploité les provinces par le biais de propriétaires, de soldats et d’esclaves, sans créer de véritables colonies agricoles familiales durables. La comparaison avec l’Empire napoléonien ou avec les pratiques anglaises vise à montrer que la domination politique ne suffit pas à produire un enracinement démographique.

Rejetant les modèles fondés sur la déportation pénale ou l’exploitation brutale, il affirme que la colonisation du XIXe siècle doit reposer sur l’association et non sur la destruction. Elle exige une législation spécifique adaptée au contact de deux peuples de civilisation différente. Deux transformations parallèles sont nécessaires : modifier progressivement les institutions et usages indigènes pour les intégrer à un ordre commun, et adapter les institutions françaises — civiles, administratives, militaires et religieuses — aux conditions du sol, du climat et des sociétés locales. La colonisation devient ainsi un projet à la fois politique, social et moral, fondé sur le travail et la production plutôt que sur la seule force.