Au début du XIXᵉ siècle, l’état sanitaire de l’Algérie est décrit par les médecins militaires à partir des premières observations réalisées lors de l’installation des troupes françaises. Les conditions matérielles et climatiques jouent un rôle central dans ces analyses. Les agglomérations présentent alors des problèmes d’hygiène marqués : habitations mal aérées, humidité fréquente, accumulation de matières organiques et insuffisance d’assainissement. Dans ce contexte, les fièvres endémiques et épidémiques constituent une part importante de la pathologie observée.

Les rapports médicaux signalent une morbidité élevée parmi les soldats et les nouveaux arrivants européens. Les fatigues des campagnes, les changements de climat, les difficultés d’alimentation et les conditions de logement sont souvent invoqués pour expliquer cette vulnérabilité. Les médecins notent également la fréquence de troubles digestifs et nerveux associés aux épisodes fébriles, ainsi que l’ampleur de la mortalité dans certaines garnisons.

L’interprétation de ces maladies s’inscrit dans les doctrines médicales dominantes de l’époque. Une partie importante du corps médical adopte les conceptions issues du broussaisisme, qui attribuent de nombreuses fièvres à des phénomènes inflammatoires affectant principalement l’appareil digestif. Cette approche tend à regrouper différentes affections sous une même explication physiopathologique, fondée sur l’irritation ou l’inflammation des tissus.

Les pratiques thérapeutiques reflètent ces conceptions. Les traitements reposent largement sur les méthodes antiphlogistiques, notamment les saignées et les applications locales destinées à réduire l’inflammation. Parallèlement, l’usage de la quinine commence à être discuté pour certaines formes de fièvres intermittentes, bien que son emploi reste encore débattu et encadré. L’ensemble de ces observations illustre les efforts des médecins pour interpréter les maladies observées dans un environnement nouveau à partir des cadres scientifiques disponibles à cette époque.