L'été 1569 est marqué par l'indécision du marquis de los Velez. Malgré des renforts substantiels, ce dernier reste immobile à Adra, invoquant des problèmes logistiques. Lorsqu'il se décide enfin à marcher, ses erreurs tactiques et son tempérament colérique provoquent une désertion massive. Son armée se délite, laissant le chef insurgé Aben-Hommeyah libre de parcourir l'Alpujarra. Toutefois, les Morisques ne profitent pas pleinement de cet avantage, échouant notamment à prendre Orgiba, défendue avec habileté par Francisco de Molina.

L'automne 1569 voit le déclin du pouvoir d'Aben-Hommeyah. Affaibli par des rivalités internes et une méfiance croissante envers ses proches, il est victime d'un complot ourdi par ses propres lieutenants et les auxiliaires turcs. Accusé de trahison et de négociations secrètes avec les chrétiens, il est étranglé dans son palais de Laujar. Son cousin, Aben-Aboo, lui succède et réorganise l'administration insurgée avec une rigueur et une discipline nouvelles, espérant un soutien massif, mais finalement illusoire, de l'Empire ottoman.

Face à l'aggravation de la révolte, Philippe II nomme son demi-frère, Don Juan d'Autriche, généralissime. Après avoir pacifié les environs de Grenade, Don Juan porte ses efforts sur Galera, place forte réputée inexpugnable. Le siège, d'une violence extrême, dure du 19 janvier au 10 février 1570. Les assauts se succèdent, soutenus par un usage massif de l'artillerie et de mines souterraines. Malgré une résistance désespérée des habitants et des combattants morisques, la ville finit par tomber. Fidèle à ses ordres de ne faire aucun quartier, l'armée espagnole massacre la quasi-totalité de la population dans un bain de sang final.

En conclusion, cette phase du conflit illustre la transition d'une guérilla de montagne vers une guerre d'extermination totale, où la supériorité technique et logistique des armées royales finit par briser la résistance morisque au prix d'une tragédie humaine sans précédent.