Dans cet ouvrage publié en 1901, Ernest Mercier propose une analyse d’ensemble de la « question indigène » en Algérie, en la replaçant dans une perspective historique et administrative de long terme. L’auteur part du constat que cette question a déjà fait l’objet de nombreux travaux, mais qu’elle demeure mal comprise en raison de jugements partiels, d’approches fragmentaires et de la persistance de préjugés. Son objectif est d’examiner les faits dans leur continuité, afin d’identifier les causes profondes des difficultés rencontrées et d’éclairer les solutions envisageables.

Mercier ouvre son étude par un rappel de la situation de l’Algérie avant 1830 et de l’organisation du gouvernement ottoman, marquée selon lui par une autorité centralisée, une administration militaire et fiscale, et une société indigène diverse, structurée par des appartenances tribales, religieuses et régionales. Il insiste sur l’absence d’unité politique et sur la variété des conditions économiques et sociales des populations.

L’auteur analyse ensuite les conséquences de la conquête française et de l’installation progressive de l’administration coloniale. Il souligne les transformations juridiques, foncières et administratives introduites au XIXᵉ siècle, ainsi que les tensions qu’elles ont engendrées, notamment du fait du décalage entre les institutions importées et les réalités locales. Mercier met en évidence les ambiguïtés du régime appliqué aux indigènes, pris entre maintien des statuts personnels, exigences de l’ordre colonial et volonté d’assimilation partielle.

Enfin, l’ouvrage plaide pour une politique plus cohérente et mieux informée, fondée sur la connaissance précise des sociétés indigènes et sur une adaptation progressive des institutions. Les réformes évoquées sont présentées comme devant concilier l’autorité française, les intérêts de la colonisation et l’amélioration durable de la situation matérielle et morale des populations indigènes, sans rupture brutale avec les équilibres existants.