L’Algérie devant l’Empereur s’inscrit dans le prolongement de deux écrits antérieurs de Warnier (L’Algérie devant le Sénat et L’Algérie devant l’opinion publique). Il s’agit d’un plaidoyer adressé directement au pouvoir impérial visant à défendre, justifier et consolider la colonisation européenne de l’Algérie contre les critiques administratives et « indigénophiles » de son temps.

Warnier rappelle d’abord que la conquête, bien que difficile, a été rendue possible par l’armée d’Afrique et que la colonisation a rendu à la France des « preuves matérielles et morales » de sa valeur : mise en culture des terres, création d’infrastructures, essor du commerce et rayonnement impérial. Il insiste sur l’idée que la possession par le travail doit primer sur la simple occupation militaire.

Dans un second temps, il dresse un état des lieux en 1865 : environ 700 000 hectares auraient été concédés aux indigènes et 225 000 aux colons (Français ou Européens). Il soutient que, rapportée à la densité européenne (38 habitants/km²), la colonisation reste très en deçà de ce qu’elle pourrait être et que l’Algérie pourrait accueillir plusieurs centaines de milliers de colons supplémentaires sans spoliation massive.

Warnier conteste l’accusation d’expropriation généralisée : selon lui, la colonisation laisserait aux indigènes l’essentiel du Tell et la totalité du Sahara, et les terres mises en valeur par les Européens proviendraient surtout du domaine de l’État ottoman (« domaine des Turcs »). Il affirme parallèlement que la France a respecté les religions, les coutumes et, autant que possible, les institutions indigènes.

Sur le plan financier et militaire, il évalue le coût de la présence française : environ 60 000 hommes seraient nécessaires pour tenir le pays, représentant une charge de plus de deux milliards de francs cumulés. Il soutient néanmoins que ces dépenses profitent aussi à la métropole (travaux publics, ports, routes, ponts, canaux, villes nouvelles, 300 centres de population).

Enfin, Warnier conclut par une comparaison économique : en 1862, les Européens auraient payé proportionnellement plus d’impôts et produit dix fois plus par tête que les indigènes. Pour lui, l’avenir de l’Algérie passe donc par l’extension raisonnée de la colonisation agricole européenne, présentée comme la condition du progrès et de la prospérité du territoire.