L’ouvrage s’ouvre par un Prologue où Armand explique l’origine de son travail : fondé sur plusieurs années d’observations auprès des troupes françaises en Algérie puis dans la campagne de Rome (Agro romano), il vise à réexaminer la cause des fièvres intermittentes. Il rappelle avoir soumis dès 1852 un mémoire à l’Académie de médecine, resté sans suite, qu’il décide maintenant de publier.

Son objectif central est explicite : contester la doctrine dominante de l’« intoxication miasmatique paludéenne », c’est-à-dire l’idée que les fièvres seraient dues à l’inhalation d’un miasme spécifique émanant des marais. Armand affirme que ses observations l’ont progressivement conduit du doute à la négation formelle de cette hypothèse. Il précise toutefois qu’il ne nie pas « l’influence paludéenne » au sens large (les milieux marécageux peuvent favoriser la maladie), mais refuse qu’un poison miasmatique soit la cause première et nécessaire de la fièvre.

Il annonce le plan du travail :

1. un prologue ;

2. un examen critique de l’intoxication miasmatique ;

3. l’étude du climat d’Algérie et son rôle pathogène ;

4. l’étude du climat de Rome comme terme de comparaison ;

5. des déductions pratiques (prophylaxie, hygiène, colonisation). Il insiste sur l’importance de la topographie pour comprendre l’étiologie, comme la géographie éclaire l’histoire.

Le Chapitre I (Opinions sur les miasmes) passe en revue une large littérature médicale (Franck, Michel, Edwards, Folchi, Carrière, Broussais, Boudin, Puccinotti, etc.). Armand montre que de nombreux auteurs reconnaissent déjà des cas de fièvres sans marais, en hiver ou dans des lieux secs, ce qui fragilise l’hypothèse miasmatique. Il souligne les contradictions des « intoxicationnistes » qui, pour sauver leur théorie, étendent indéfiniment la notion de miasme (marais invisibles, souterrains, ou produits par des sols secs), au point de la rendre infalsifiable.

Le Chapitre II (Examen critique de la doctrine) attaque directement les fondements de l’hypothèse. Armand note qu’aucune analyse chimique (Volta, Vauquelin, Gastoni, Julia) n’a jamais isolé de « miasme » spécifique dans l’air des marais. Contrairement à d’autres poisons (rage, acide carbonique), un miasme paludéen ne se manifeste pas par des effets constants : on peut vivre longtemps près des marais sans tomber malade, et les animaux y sont généralement indemnes.

Il rappelle aussi les explications anciennes (déesse Febris, insectes « serafici », vapeurs sulfureuses) pour montrer que l’idée de miasmes relève d’une tradition plus que d’une démonstration. Pour Armand, si la fièvre peut apparaître sans marais, alors le miasme ne peut être la cause première : soit il agit partout et toujours, soit il n’est rien.

La thèse générale de cette première partie est donc qu’une étiologie solide doit partir des faits observés (climat, variations thermiques, conditions locales, organisation du corps) plutôt que d’un agent toxique hypothétique. L’auteur annonce qu’il démontrera ensuite, à partir des cas d’Algérie et de Rome, une autre manière d’expliquer la genèse des fièvres